主桥与海底隧道的部分通过两座人工岛转换，两座转换人工岛与御尖、惠星口岸人工岛都具有标志性及相关性，将是景观设计考虑的重点。口岸人工岛是大桥主桥与各落点地的衔接中心，也是海关口岸与大桥收费站的设置之所，设计中采用了砂、泥及土三种材料作为回填料。人工岛填海后经过地基处理加固，能够防御云江口300年一遇的洪潮。转换人工岛使用“钢圆筒建岛”方式填海，成为集交通、管理、服务、救援为一体的综合运营中心，人工岛的主体外围结构工程完成后进行抽水及填沙，随后进行隧道工程。当整体结构完成后，就可以放入预制管道。

桥梁的主体部分按照六车道高速公路标准建设，设计行车速度每小时100千米。桥梁由非通航孔桥和通航孔桥相连组成，通航孔桥共有3座斜拉桥，自东向西依次是星洲航道桥、宗关东航道桥以及唐心航道桥。航道桥的整体造型及断面形式除了满足抗风及抗震等要求外，将会充分考虑景观效果。车辆在主桥面上行驶时全程均为靠右行驶，惟须在进入尖东特别行政区口岸地域时需通过跨线桥转换为左行。

云江湾跨海摆渡巴士服务由尖东云江湾跨海大桥摆渡巴士公司、惠安待定公司、御江待定公司联合提供。穿梭巴士提供尖东/御江往返星儿岛/惠安的客车服务，其中车辆在尖东、星儿岛区域内的行驶区段全部位于关闸禁区内，因而各位乘客须在搭乘本线路前提前准备好各类跨境证件。前往御江、惠安、星儿岛的旅客可以在口岸自助售票机与人工售票窗口购票；前往尖东的旅客受到全面网上限量售票规例的管制，所有自惠安、星儿岛往尖东的旅客（前往尖东地泗洱机场乘机离开尖东的旅客除外），须事先在“云江湾跨海摆渡巴士”官方微信公众号购票后，方可搭乘当日当时段及当次穿梭巴士前往尖东。

跨海摆渡巴士实行全面实名制购票制度，乘客在购票时必须提供姓名及有效身份证件。上车出发前，车站工作人员会在安检或检票期间对旅客进行实名制核验，票、证、人一致方可进站乘车。旅客退票时，必须提供与购票时一致的有效身份证件，于开车前48小时在“云江湾跨海摆渡巴士”官方微信公众号发起退票申请工单，由后台工作人员审核后方可退票。

此外，福江省及尖东特别行政区部分客运公司亦经营前往云江湾以西广大腹地城市往来大桥的摆渡巴士业务，直通旅客可直接由尖东、星儿岛或云江湾西部城市市区乘搭跨境直通巴士，直接经大桥前往目的地市区，但需要在口岸下车办理出入境手续。由于旅客需分别办理两次过关手续，每次集合时间需要一定时间，再算上停车等候时间，全程总耗时依旧比经由御圳湾大桥公路口岸型车更长，目前部分摆渡巴士已改回行走御圳湾大桥公路口岸。

摆渡巴士所使用车型方面，尖东特别行政区出车一律使用曼恩A95型双层巴士，全数采用NL363F引擎及上、下层通用2+2全软座布局。御江市出车使用待定，惠安方面出车则使用待定。