蓝鸟站的前身南湘铁道大南门东车站随南湘线（相当于今日之京离线蓝鸟-南弁天[皇岗市]路段、皇沐线南弁天-琅南堡[李山市]路段、京盘线琅南堡-沐阁[沐州市]路段，是今日之京盘线的前身）修建。

1900年，由木华民族企业家经营的南湘铁道株式会社将南湘线从板桥站（今蓝鸟板桥站）延长至秋山桥（今蓝鸟南站），并有进一步延长至大南门并在附近建设车站的打算。1901年7月8日，铁路和车站建成，车站位于大南门的东侧，名为大南门东站，该车站的样式类似现实世界中初代横滨站（樱木町站）初建成时的站房，成为南湘线的起点。

随着1907年《木华铁道国有法》的颁布，南湘铁道被收归大木华帝国铁道省并改名为京盘线。1905年，木华民族企业家以阿尔梅里亚为援经营的京锦铁道株式会社（今京华线蓝鸟-锦依路段）也将京锦线延长到了大南门，设置大南门西站（曾用名蓝鸟西站，1958年拆除），1902年唐津支线（今京盘线正线）开通，由此大南门成为木华各干线铁路的交汇站，客流量猛增，拥堵加重。

1922年，木华国营铁道（木华共和国推翻大木华帝国以后，铁道省的继承者）请来群玉设计师和建筑公司，对大南门东站站房进行改造，1925年完成。

期间，大南门东站见证了许多历史事件：1926年萧智（字明喆）病逝于蓝鸟，其灵柩从大南门东站送上火车运送到木华共和国当时的首都华江下葬。1941年木华遭遇外敌入侵时，蓝鸟数千学生也从大南门东站上火车前往华江请战。1949年，黄乐彬等木华社会主义共和国领导人在这里迎接李嘉泽、黄力行、谢婉然、王鸿熙等人来蓝鸟。

1949年前，大南门东站有过大南门站、蓝鸟站、蓝鸟东站等多个名字，最终于1949年正式定名为蓝鸟站，当时被称为是木华的铁路迎宾门，黄乐彬曾在此坐火车前往浑林、扶桑等国进行访问。后来浑林的政要也是在这里下火车对木华访问。

由于大南门东站渐渐无法满足需要，于是决定在白边门和中正门附近新建蓝鸟站。1957年12月30日，新蓝鸟站正式启用，该车站站房样式类似现实世界中上野站。与此同时原蓝鸟站（大南门东站）正式关闭，旧站舍列入蓝鸟直辖市史迹，首先曾作为食阁，之后又变成小商品广场，如今则改为木华铁路博物馆-大南门馆。

1968年的北近畿大地震（蓝鸟-皇岗-李山地震，其中皇岗和李山受损严重）中，站舍屋顶部分及部分空间结构遭到地震破坏，后修复改建。

2004年7月12日：蓝鸟站新站房启用，运用了大量的玻璃幕墙，比原站更大且更现代化，同时拆除了混凝土雨棚，改为无柱雨棚。旧仿上野站站房改为蓝鸟Station Gallery美术展览馆对外开放。

2004年8月1日：京皇城际新干线站台启用及运行开始。

2004年9月1日：改造完成的蓝鸟南站成为京皇城际新干线的始发站，分担蓝鸟站始发城际列车的运输压力。

2005年12月：木华国铁连接蓝鸟站和蓝鸟西站的新蓝鸟地下直径线计划动工，重建因电铁化而切断的蓝鸟西站至蓝鸟站间蓝鸟地下直径线列车线，在既有的电车化蓝鸟地下直径线旁边修建两条交流电化的新蓝鸟地下直径线列车线，在途中不设置任何车站。该工程于2013年7月顺利完工，蓝鸟站从尽头式车站改为了通过式车站，蓝鸟站与蓝鸟西站具备了多方向的城际列车的运输压力。

2014年：京盘线特急动车组、京离线特急动车组开始运行。

2017年：蓝鸟广域快速列车S1路线在既有唐津支线、京盘线、蓝鸟地下直径线、西大联络线、京华线上开始运行。

2021年：京盘客运专线开始运行。